はっきりしてるわけではないですが、「심쿵」は「심장이 쿵쾅거리다」を短くし誕生した言葉ではないかと思います。

「심장이」は直訳だと「心臓が」という意味になりますが、実際のこの言葉での意味合いとしては「胸が」＝「가슴이」と同じ意味で、「胸がドキドキする」に近いものになると思います。

日本でもそうですが、「ドキドキする」と言った場合に手をかざすとしたら「心臓」＝「胸」になるのではないでしょうか?
韓国でも歌の歌詞でも良く「気持ち」をあらわす単語として「心臓（심장）」「胸（가슴）」「心（마음）」などを用いることが多いです♪